黑白合同中所指的实质性内容的变更比较难以界定。《招标投标法》第四十六条规定：“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。”但没有对建设工程合同的“实质性内容的范围”做出明确规定。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》并没有明确规定黑合同无效，而只是规定黑合同与白合同“实质性内容不一致的”，仍应以白合同“作为结算工程价款的根据”，即对黑合同中该等条款的效力不予认可。
一般认为，施工合同中最主要、最重要的条款是价款、质量和工期，如果黑合同的相关条款对白合同中的工程价款、工程质量、工期等实质性内容做出了变更修改，且该等变更是以规避招标文件、中标合同，损害其他投标人利益以实现不正当中标，或者损害国家、集体或者第三人利益为目的而做出的，则该等条款的效力应予以否定，既不应“作为结算工程价款的依据”。着重从两方面考虑：
- 人民法院应当综合备案的中标合同价款、工程性质、施工工艺、实质性内容变更的程度，依据诚实信用原则认定当事人另行订立的建设工程施工合同是否背离中标合同实质性内容。
- 建设工程开工后，如果承、发包双方另行达成的协议内容是针对中标合同或招投标文件中没有考虑的情形进行确认，或者针对新情况而需要对中标合同条款进行的更符合实际的调整，因必要的设计变更、建设工程规划指标调整等客观原因，且不违背立法精神、并非出于规避中标合同为目的，发包人与承包人变更合同工期、工程价款、工程项目实质性等约定的，不宜认定为变更中标合同的实质性内容。
建议立法对建设工程合同实质性内容合法变更的情形及变更协议备案程序作出规定，至少：变更的实质性条件：①合同订立后的客观情况发生根本性变化导致合同不能履行或者履行将明显不公平。②当事人协商一致。变更的程序性要求：应是须在变更协议签订较短期限内将变更协议送原备案机关备案。
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